Infatti nel 2004, il Real Molfetta, si iscrive al campionato regionale di serie C/2, con una squadra formata tutta da molfettesi, provenienti per la maggior parte dal calcio a 11, ma soprattutto da "amici" che si divertivano fino a quel momento ad animare i tanti tornei estivi di calcio a 5 locali; ed i risultati non si fanno attendere, infatti, guidati dall'ottimo mister Bruno Siciliano, dopo aver inanellato una serie di 15 vittorie consecutive, concludono il campionato al primo posto. Questo in casa molfettese porta tanto entusiasmo, infatti nel 2005 i biancorossi partecipano al campionato regionale di C/1 e accompagnata anche da un pubblico sempre più numeroso e caloroso e nel bellissimo impianto del Pala Poli, con lo stesso gruppo dell'anno precedente, si comincia nel migliore dei modi.

E si parte in realtà davvero alla grande, infatti, contro squadre blasonate come il Brindisi, l'Adelfia, il Fasano o il Polignano (vincitore del torneo) tanto per citarne alcune, arrivano splendidi risultati, tanto che alla fine del girone d'andata, il Real risulta essere la seconda forza del campionato a soli due punti dalla vetta. Addirittura arriva in finale di Coppa Italia dove, però, ne esce sconfitta più per gli infortuni e squalifiche che per demerito. Purtroppo sono proprio gli infortuni a caratterizzare la seconda parte del campionato; mentre le altre squadre nel mercato di riparazione si rinforzavano, acquistando anche diversi stranieri, il Real rimaneva al palo, confidando nel gruppo che aveva dimostrato sino a quel momento grandi cose. Ma gli infortuni, che colpivano i migliori giocatori, avevano tempi di recupero più lunghi del previsto ed i risultati in campo ne hanno risentito parecchio, tanto che i biancorossi da giocarsi la promozione, si sono trovati a contendersi la permanenza in C/1 ai play out contro il Taranto uscendone peraltro sconfitti.

Così il Real Molfetta, nel 2006, si iscrive nuovamente al campionato di C/2, ma con i presidenti Metta e Mele che questa volta allestiscono una formazione ed uno staff dirigenziale di prim'ordine. Arrivano i primi acquisti con giocatori provenienti dalla serie B ed i risultati non tardano a mancare; infatti con 27 vittorie, 3 pareggi e soltanto 2 sconfitte, riconquista il passaggio in Serie C/1.

In Coppa Italia si ferma in semifinale, battuta, però, da una squadra (il Cassano) di categoria superiore e che poi vincera la coppa.
In conclusione si può dire che in questi 3 anni, i risultati ottenuti sono stati più che notevoli.

Nella stagione 2007/2008 con la gestione del Mr. Doriano Catino, si giunge a un risultato storico: 2° posto in campionato a 1 solo punto dalla vetta, vittoria in coppa Italia regionale e ottimo cammino in coppa Italia a fasi nazionali fermati solo in semifinale da uno strepitoso Colleferro. Grande soddisfazione e grande entusiasmo in tutto l' ambiente rendono gli obiettivi del Real molto vicini alla realtà e quando la contesa per il primo posto sembra riservare delle possibilità al Real Molfetta, la squadra sotto grande stress crolla ad Altamura e spiana la strada al Biancoazzurro Fasano di conquistare quasi matematicamente la serie B. Il Real,però non molla, giunge ai play off e batte i Metropolitani di Bari ma, una volta passato il turno contro il Monopoli non c'è più energia per sostenere due gare così impegnative e il Real cede e il Monopoli successivamente giungerà in serie B con grande impegno.

Sul fronte giovanile nasce una squadra di Under 18 guidata da Mr. Allegretta e Cirillo, che debutta nel campionato giovanile con discreti risultati e buoni propositi di crescita per gli anni a venire,sono ragazzi provenienti dalla mentalità del Calcio a 11 e da forgiare tatticamente.

Durante l'estate si lavora su grandi progetti: sponsor,ufficio stampa, dirigenza e grandi giocatori, arriva Marzella dal Giovinazzo, Piacenza dal Ruvo, Lavolpicella dalle Olimpiadi Nettuno, Castelletti dal Modugno, e poi il triplice colpo Laccetti, Capozzi e Diomede che assieme al nuovo Mr. Grassi giungono a Molfetta dalla Fuente Foggia.

La stagione 2008/2009 sembra aprire le porte del Real che può iniziare il campionato con grandi propositi e un ottimo progetto alle spalle che precede il buon lavoro fatto durante l'estate. Al campo l'ardua sentenza.